Za realizaciju svojih zadataka Institut raspolaže laboratorijama, mernom opremom za laboratorijska i terenska merenja i istraživanja, bibliotekom, dokumentacionim i informacionim centrom, izdavačkim centrom, itd.

U okviru Instituta postoje sledeće laboratorije:

	Hidraulička laboratorija sa halom površine 3.500 m2 i velikim otvorenim prostorom, opremljena je za modelska ispitivanja hidrotehničkih objekata, vodnih tokova, pomorskih objekata, pristaništa, industrijskih objekata itd. Osnove instalacije u laboratoriji su veliki stakleni kanal, kanal za ispitivanje dejstva talasa, kanal za tariranje hidrometrijskih krila i dva rezervoara.
	Radionice za izradu modela, instalacija i opreme
	Elektronska laboratorija
	Pedološka laboratorija
	Laboratorija za geotehnička i geofizička istraživanja
	Laboratorija za ispitivanje kvaliteta vode
	Sedimentološka laboratorija.

U zavisnosti od vrste istraživanja formiraju se timovi za realizaciju merenja na terenu (za hidrološka, hidrogeološka, pedološka, hidraulička, geomehanička, geofizička ispitivanja, ispitivanja fizičkih, hemijskih, bioloških karakteristika vode itd.).

Institut za vodoprivredu "Jaroslav Černi", 2001.